Мамлюкская верхушка продолжала сохранять господствующее положение в Судане вплоть до уничтожения их главных сил в Египте в 1811 г.
После событий 1811 г. небольшая группа мамлюков нашла убежище в суданском султанате Донгола. К западу от Нила в местности Аль-Урди мамлюки основали укрепленное поселение; стали приобретать черных рабов, пушки и боеприпасы. Джабарти указал имена некоторых, наиболее известных из этой группы мамлюков: «С течением времени многие из них умерли, равно как их руководители, такие как Осман-Бей Хасан, Салим-Ага, Ахмед-Ага Шувакар и другие. А из тех, кто не умер, остались Ибрахим-Бей старший, Абд-Ар-Рахман-Бей из свиты Осман-Бея Ал-Муради, Осман-Бей Йусуф, Ахмад-Бей Ал-Алфи – муж Адилы, дочери Ибрахим-Бея старшего, Али-Бей и остальные, менее значительные эмиры и мамлюки.
В 1816 г. некоторые из этих мамлюков обратились к Мухаммеду-Али с просьбой о разрешении им возвратиться в Египет. Правитель Египта выразил готовность принять их, но на крайне жестких условиях. Им было отказано в возврате ранее принадлежавших земель, поместий и иной собственности. Более молодым из них предлагалось поступить на службу по усмотрению правителя, пожилым было обещано содержание их семей. Если они предпочтут поселиться в Верхнем Египте, то им воспрещалось взимать с населения какие-либо поборы. В случае согласия, им надлежало заранее оповестить о своем передвижении. Мухаммед-Али предупреждал, что по прибытии в Египет «они лишаются безопасности за нарушение хоть одного из этих условий». Такие условия не были приняты мамлюками, и они предпочли оставаться в Донголе, где уже приобрели значительное влияние. Обустройство группы мамлюков в Донголе послужило Мухаммеду-Али поводом для снаряжения военной экспедиции в Судан. Истинные же причины заключались в стремлении захватить эту страну.
В октябре 1820 г. пятитысячный экспедиционный египетский корпус под командованием одного из сыновей Мухаммеда-Али — Исмаила-Паши отправился в Судан. Небольшие государственные образования Судана и объединения племен, практически не оказывали сопротивления египетским войскам. При подходе экспедиционных войск мамлюки разделились на две группы. Одна группа, состоявшая из наиболее непримиримых, покинула Донголу и отступила в небольшое княжество Шенди, а позднее перешла в Абиссинию (Эфиопию). Оставшиеся в Донголе мамлюки прибыли в египетский лагерь и выразили правителю Египта свою лояльность, а также готовность перейти к нему на службу. По сведениям одного из британских офицеров, находившихся в египетском отряде, численность мамлюков-черкесов, прибывших в лагерь, составляла приблизительно сто человек, которых сопровождали несколько сот негритянских рабов. Исмаил-паша доброжелательно принял их и направил в Каир.
После покорения Судана Мухаммед-Али назначил губернатором суданских провинций Сеннара и Кордофана генерала черкеса Усман-Бей Джеркаса. В годы его правления (1821–1825) был заложен город Хартум как административный центр Судана. В истории Судана XIX в. встречается довольно много имен черкесов — губернаторов, наместников отдельных областей, офицеров египетских войск. Следует указать наиболее известных из них. В 1838-1843 гг. губернатором Судана был Ахмед-Паша Уидан, находившийся перед этим на посту военного министра Египта. В 1850-1852 гг. губернатором Судана был Абд Аль-Латиф-Паша, который провел ряд социально-экономических преобразований. Он предпринял меры по стабилизации курса денежных единиц (уравнял с курсом в Каире), усилил государственный контроль торговли на Белом Ниле. Он также запретил ношение холодного оружия, ввел наказания за нанесение оскорблений и т. п. Губернаторами-черкесами также были: Ахмед-Паша Миникли (1843-1845); Рустам-Паша Джеркас (1853); Хасан-Бей Салама Джеркас (1859-1861); Муса-Паша Хамди (1863-1865); Исмаил-Паша Айюб (1873-1877); Мухаммед-Паша Рауф (1879-1882); Ала Аль-Дин-Паша Садик (1883).
Наместниками отдельных провинций были: Хусров-Бей – губернатор Таки в 1854 г.; Мухаммед Саид-Паша Уахби — губернатор Кордофана в 1873-1874 гг. и губернатор Таки в 1879 г.; Хасан-Паша Хильми Аль-Джувейсар — губернатор Таки в 1866 г.; Сулейман-Паша Ниязи в конце 70-х гг. XIX в. командовал египетскими войсками, дислоцированными в Судане. В целом, положение черкесов в Судане в XIX в. было таким же, как и в Египте, частью которого был Судан. Основную массу черкесов составляли офицеры и чиновники.
Европейские путешественники, встречавшиеся в Судане с черкесами, отмечали, что они владели своим родным языком и держались обособленно. Между черкесской и другими этническими группировками египетских служащих в Судане существовало соперничество и скрытое противоборство. Современники также отмечали некоторые черты этнического характера суданских черкесов, типичные в целом для кавказцев: гостеприимство, щедрость, великодушие, а также строгость и даже мстительность. Как правило, черкесские офицеры и чиновники находились в суданских провинциях временно. Их часто переводили на другие должности в Египте. В годы массового выселения черкесов несколько сот черкесских иммигрантов обосновалось в Хартуме. В настоящее время в городах Судана проживает незначительное число семей черкесского происхождения.