До 1864 году на месте современного аула Малый Кичмай располагался родовой квартал, который являлся частью единого сплошного аула Шахачей (адыг. ШэхэкIэй) охватывавшей всю долину реки Шахе вплоть до его верховьев. После завершения Кавказской войны, практически всё уцелевшее местное население было выселено в Османскую империю за нежелание признавать над собой власть русского царя и военной русской администрации.
Некоторые горцы скрылись в труднодоступных горных ущельях. В 1865 году были созданы линейные батальоны, чьей задачей было вытеснение продолжавших скрываться в горах черкесов и их дальнейшее выселение в Турцию или за Кубань.
Вторичное заселение этих мест шапсугами началось в 1879 году, одновременно с Большим Кичмаем. В основном сюда были переселены хакучинцы, скрывавшихся в верховьях реки Псахо. Военная русская администрация региона разрешила нескольким черкесским семьям осесть в нескольких верстах от черноморского побережья, за сдачу оружия и принятия российского подданства.
Среди первых поселенцев аула были семьи — Тлиф, Нибо, Куадже и Шхалаховы. В 1920 году из Большого Кичмая переселились Гвашевы. В 1945 году из аула 1-й Красноалександровский (Хаджико) переселились семьи Сизо и Тох, а с Кубани семьи — Уджуху и Мамхо.