Первые поселения в устье реки Шахе возникли в эпоху каменного века. В античные времена река являлась естественной границей между племенами зихов и санигов.
С эпохи средневековья до середины XIX века река Шахе представляла собой естественную границу между шапсугами и убыхами. В 1864 году после завершения Русско-Кавказской войны, практически всё местное население было изгнано в Османскую империю, за нежелание подчиняться русскому царю. В результате низовья реки Шахе опустели на несколько лет.
В 1870-х годах, на месте где ныне находится посёлок Шахе, начали селиться русские переселенцы. В конце XIX века остатки черкесов продолжавших скрываться в горах, перестали преследовать и им было разрешено осесть в предгорных районах причерноморского побережья.
Современноый посёлок Шахе был основан как отсёлок Головинки и протянулся узкой полосой на 1,5 км вдоль левобережья одноимённой реки Шахе. 10 февраля 1961 года посёлок Шахе был включён в состав города-курорта Сочи, с присвоением населённому пункту статуса внутригородского микрорайона. Ныне основное население микрорайона составляют адыги-шапсуги и русские.