В Адыгее продолжают бороться с браконьерами. Наиболее распространенными видами браконьерства остаются рыбная ловля, охота на кабанов, передвижение на транспорте по территории заповедника, незаконный выпас скота, засорение охраняемых территорий мусором, сбор дикорастущих растений, что также запрещено законом.
В период новогодних праздников особенно учащаются случаи незаконной вырубки хвойных деревьев. За хвойными лесами регулярно наблюдают аэростаты, вертолеты, беспилотники. Кроме того, круглосуточно дежурят отряды быстрого реагирования на снегокатах. Что касается незаконной вырубки и последующей продажи елей и других хвойных деревьев, то совсем недавно в республике обнаружили склад с подготовленными к продаже деревьями. По данному факту составлен административный протокол, а всем виновным выписаны штрафы.
Всего в 2012 году в заповеднике было составлено 370 протоколов. Более 250 протоколов составлены по поводу незаконного пребывания территории.